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Pratique chirurgicale, la trépanation n’est pas rare au Néolithique. Elle consiste à soulager une blessure ou un traumatisme, à atténuer des douleurs ou une trop forte pression intracranienne, en pratiquant une perforation de la calotte, au moyen d'un couteau, d'un racloir ou d'un perçoir en silex. Le morceau d'os ainsi obtenu peut parfois être conservé par le patient et même être porté en amulette, comme l'atteste certaines pendeloques retrouvées dans les sépultures du Néolithique final.

La fréquente cicatrisation des bords de la trépanation traduit un taux non négligeable de succès dans le soulagement des traumatismes et témoigne de chances de survie appréciables.